Фамилия Гарут — одна из тех, где прозрачная основа сочетается с редким окончанием, что сразу выделяет её среди более привычных Гарунов или Гарусов. Корень «гарут» почти наверняка восходит к арабскому имени Гарут (Harut) — так звали одного из двух ангелов в исламской и Коранической традиции, которые, согласно преданию, были ниспосланы на землю для испытания людей и обучали их магии в Вавилоне. Имя это встречается у народов, исповедующих ислам, особенно у татар, башкир, народов Кавказа. Но если бы фамилия просто образовывалась от этого имени через стандартный русский суффикс, мы бы получили Гарутов или Гарутин. Здесь же — чистая основа, без патронимического суффикса, что для русской фамильной модели нетипично.

Такой тип фамилий — на чистый корень, без -ов, -ин, -ский — чаще всего указывает на позднее, часто искусственное закрепление прозвища или на иноязычное происхождение, которое не переоформили под русскую грамматику. Вероятнее всего, фамилия Гарут — это русифицированная форма тюркского или кавказского имени Гарут, которую в XIX — начале XX века записали в метрику именно так, как носитель называл себя сам. В среде крещёных татар, например, или у горских евреев нередко оставляли исходное имя без добавления суффикса, особенно если семья была малочисленной или жила в изоляции.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «гарут» — так в некоторых говорах называли гарь, выжженное место в лесу, или горелый лес. Тогда прозвище Гарут мог получить человек, живший на гари, занимавшийся выжигом угля или просто имевший отношение к пожарищу. Но это объяснение спорное: в русских говорах слово «гарут» не фиксируется в словарях как устойчивое, а вот имя Гарут — хорошо известно.

Географически фамилия сегодня встречается разрозненно, но с заметным тяготением к регионам с тюркским и кавказским населением: Татарстан, Башкортостан, Дагестан, а также среди потомков эмигрантов первой волны. В дореволюционных списках Гаруты почти не попадаются, что подтверждает их позднее оформление — скорее всего, в советское время, когда паспортизация закрепила фамилию в том виде, в каком её запомнили сами носители.