Фамилия Гаврилишина образована от имени Гаврилиша — уменьшительно-ласкательной формы крестильного мужского имени Гавриил. В переводе с древнееврейского оно означает «божественный воин» или «моя сила — Бог». Скорее всего, основатель рода Гаврилишиных был человеком из простого сословия: суффикс -иш(а) в русской традиции придавал имени оттенок ласкового или бытового обращения, характерного для крестьянской и мещанской среды.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, форма на -ин указывает на принадлежность конкретному лицу: Гаврилишина буквально значит «дочь или жена Гаврилиши». В русском языке такие фамилии закрепились в женском роде, но их мужской вариант — Гаврилишин — встречается реже и тоже восходит к тому же прозвищу. Это одна из тех фамилий, где суффикс сохранил живую разговорную форму имени, а не книжную полную (Гавриил → Гаврила → Гаврилиша).

По географическому распространению фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где уменьшительные формы на -иша были особенно употребительны. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении рода, скорее всего, из одной или нескольких соседних деревень. В ономастических справочниках эта фамилия не имеет альтернативных версий — все источники сходятся на имени Гаврилиша как основе.