Фамилия Гайдарев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ев скрывается украинская основа. В её центре — слово «гайдарь», то есть овцевод, пастух овец. Такие прозвища давали по роду занятий: человек пас отару, стриг, перегонял скот, а окружающие запоминали его как Гайдаря. Со временем это прозвище закрепилось за детьми и внуками, превратившись в фамилию с патронимическим суффиксом -ев, который в украинской и южнорусской традиции заменяет более северный -ов.

Овцеводство на Украине было делом распространённым, особенно в степных и лесостепных районах, где обширные пастбища позволяли держать большие отары. Овцы давали мясо, шерсть, овчину, молоко для сыра — хозяйство держалось на них. Поэтому прозвище Гайдарь не было редким, а фамилия Гайдарев могла возникнуть независимо в разных сёлах.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований. Она связывает фамилию с арабским именем Хайдар — «лев». В тюркской и мусульманской среде это имя было известно, и через татарское или башкирское посредничество оно могло попасть в русские говоры в форме Гайдар. Однако в таком случае фамилия скорее звучала бы как Гайдаров (с твёрдым суффиксом), а форма Гайдарев указывает на мягкую основу, характерную именно для украинского «гайдаря». Поэтому версия с овцеводством выглядит убедительнее.

Встречается фамилия в основном на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также на востоке Украины. В других регионах она редка, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного промысла.