Фамилия Гембацкий — редкая, и её происхождение неочевидно. Разберём её по составу. Суффикс -цк- (в форме -цкий) указывает на типично польскую или западнорусскую (шляхетскую) модель образования. Такие фамилии часто давались по названию местности. Основа «Гемба-» родственна польскому слову gęba — «рот, губа, морда». В польском языке это слово могло стать прозвищем человека с большим ртом или того, кто много говорил. Таким образом, Гембацкий — это, скорее всего, потомок человека по прозвищу Гемба, владевшего землёй или жившего в местечке, которое называлось Гембы или Гемба (например, несколько деревень с названием Gęba или Gęby есть в Польше).

Версия с чисто русским корнем «губа» (в старом значении «гриб») менее вероятна: фамилия Губацкий или Губский встречается, но форма «Гембацкий» выдаёт явное польское влияние — через звук «е» (носовое, в русском перешедшее в «у»). Фамилия могла попасть в восточнославянскую среду вместе с переселенцами из Речи Посполитой, особенно после разделов Польши. В белорусских и украинских метриках XIX века встречаются похожие фамилии — Гембарский, Гемба, что подтверждает западнорусский след.

Словообразовательная модель проста: корень Гемб- + суффикс принадлежности -ацк- (вариант -ецк-/-цк-) + окончание -ий. Фамилия недвусмысленно указывает на родство с человеком, носившим прозвище Гемба. Сословно носители, скорее всего, относились к мелкой шляхте или однодворцам — то есть к служилым людям, которые в XVI–XVII веках получали земли на условиях военной службы и фамилию по своему прозвищу или имению.