Фамилия Геркен — характерный пример фамилии немецкого происхождения, которая закрепилась в России вместе с волнами переселенцев, в первую очередь из остзейских губерний и немецких колоний Поволжья. Основа фамилии — личное имя Герк (Gerk), которое служило обиходной, уменьшительной формой целого ряда германских двусоставных имён. Чаще всего Герк связывают с именем Герхард (Gerhard), где первая часть Gēr означает «копьё», а вторая hard — «выносливый», «храбрый», «сильный». Таким образом, имя Герхард давали с пожеланием, чтобы мальчик вырос стойким и отважным воином. Однако Герк мог быть и краткой формой от других имён с тем же первым элементом Gēr — например, Герман, Герольд или Гервин.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: к основе имени Герк добавился типичный немецкий патронимический суффикс -en, который буквально означает «принадлежащий к роду» или «потомок». То есть первоначально Геркен — это «сын Герка» или «из семьи Герка». Такая модель распространена в северной Германии, особенно в Нижней Саксонии и Шлезвиг-Гольштейне, откуда, вероятно, и происходят первые носители фамилии.

На русской почве фамилия сохранила оригинальное написание, что нередко указывает на относительно позднее появление её носителей в России (XVIII–XIX века) или на принадлежность к обрусевшим немецким родам, которые долго держались своей письменной традиции. Встречается также вариант написания с одной «н» — Геркен, что связано с особенностями передачи немецких суффиксов в русских документах.

В сословном отношении фамилия Геркен не была закреплена за какой-то одной группой: её носили и лютеранские пасторы, и купцы, и военные инженеры, и колонисты-земледельцы. В архивных записях XIX века Геркены встречаются в Санкт-Петербурге, в прибалтийских городах (Рига, Митава) и в поволжских колониях. Несмотря на немецкое происхождение, фамилия давно стала частью русского культурного ландшафта, и сегодня её носители — в основном русскоязычные люди, часто и не подозревающие, что в основе их фамилии лежит древнее германское пожелание воинской доблести.