Фамилия Гершен чаще всего отталкивается от личного имени, а не от географического названия. Основная версия связывает её с древнееврейским именем Гершон, которое носил один из героев Танаха — сын Леви и внук Яакова. В переводе с иврита имя означает «изгнанник». Такая семантика не редкость для древних имён, отражавших обстоятельства рождения или судьбу рода. По этой модели фамилия образована напрямую от имени без добавления типичных славянских суффиксов, что указывает на её позднее оформление в среде ашкеназских евреев, где фамилии часто фиксировали библейское имя в упрощённой форме.

Существует и другая гипотеза: прозвище Гершен могли дать человеку, прибывшему из коммуны Гершен в немецкой земле Саксония-Анхальт. Однако эта версия слабее: топоним малоизвестен, а массовый перенос названий небольших немецких поселений в еврейские фамилии XIX века — нетипичное явление. Скорее всего, совпадение случайно, и корень фамилии всё же именной.

В документах фамилия встречается с конца XIX века. В Книге памяти Иркутской области упоминается Борис Иосифович Гершен, торговец лавки, родившийся в 1895 году в Красноярской губернии. Эта запись показывает, что носители фамилии жили в Сибири уже в дореволюционный период, хотя исходно фамилия связана с западными регионами Российской империи, где были распространены еврейские земледельческие колонии и местечки.

Суффикса в фамилии нет — она представляет собой чистую основу. Такая модель (безаффиксная, от библейского имени) характерна для ашкеназских фамилий, которые не русифицировались окончаниями -ов или -ин. В отличие, скажем, от фамилии Гершензон (с патронимическим суффиксом «сын»), форма Гершен более редкая и лаконичная.