Фамилия Гершенко — типичный пример украинской модели образования фамилий, где суффикс -енко указывает на происхождение по отцу и буквально означает «сын» или «потомок». Таким образом, Гершенко — это «сын Герша». В основе фамилии лежит мужское личное имя Герш, которое, в свою очередь, является сокращением от древнееврейского библейского имени Неффалим, переведённого на идиш как Hersch.

Поскольку фамилия формировалась в украинской языковой среде, в ней произошло закономерное чередование согласных: в идише имя звучало с твёрдым «х» (Hersch), а в украинской передаче оно закрепилось как «Герш» — с начальным «г». Это объясняет написание через «г», а не через «х». Менее убедительной выглядит версия, связывающая фамилию с польским словом herszt («главарь, атаман»): несмотря на внешнее сходство, словообразовательная модель с суффиксом -енко практически не применялась для прозвищ, указывающих на должность или социальный статус, а была закреплена за отчествами.

Само имя Неффалим, от которого произошёл Герш, в библейской традиции означает «борьба» или «схватка» — так назвала своего сына Рахиль, сказав: «Борьбою великою боролась я с сестрою моею и победила». Однако в бытовом обиходе еврейских общин Восточной Европы имя давно утратило это символическое значение и использовалось как обычное мужское имя, от которого и возникла фамилия. Поэтому предки носителей фамилии Гершенко, скорее всего, были выходцами из среды еврейского населения Украины, где имя Герш давалось в честь деда или другого родственника, а затем закрепилось как родовое прозвание.