Фамилия Гершенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от имени Неффалим Герш. Фамилия Гершенко восходит к древнееврейскому библейскому имени Неффалим. Позже это имя-символ было переведено на идиш — Hersch (Герш). Чередование согласных г/х объясняется влиянием украинского языка. Менее правдоподобной представляется связь фамилии с польским словом herszt – «главарь, атаман». Поэтому Гершенко буквально понималось как «сын Герша».