Фамилия Герзун — редкий случай, когда географическая привязка оказывается почти единственной зацепкой, а корень уходит в тюркские языки. В отличие от большинства русских фамилий, оканчивающихся на -ов или -ин, здесь мы видим суффикс -ун. В русском языке он характерен для прозвищ, образованных от глаголов: «крикун», «говорун», «драчун». Такая модель была продуктивной, но в основе фамилии Герзун лежит не русский глагол.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «герз/гез», означающим «глаз». В тюркских языках (например, в татарском или башкирском) «герз» или «керз» могло относиться к человеку с острым зрением, наблюдательному, или же стать частью сложного прозвища. Суффикс -ун в тюркских языках также встречается, образуя имена и прозвища. Таким образом, Герзун — это, скорее всего, прозвище, данное предку за какую-то особенность, связанную со зрением: зоркий глаз, или, наоборот, человек с прищуром.

Встречается и другая, менее распространённая гипотеза: связь с идишским словом «герц» (сердце), но в таком случае фамилия звучала бы как «Герцун» или «Герцевич». Вариант с «з» указывает именно на тюркское происхождение. Фамилия не входит в списки старых дворянских родов и не фиксируется в центральных губерниях России в большом количестве. Её следы ведут на юг и юго-восток — в районы Поволжья, Приуралья или Северного Кавказа, где веками жили тюркские народы, а также среди татарских и башкирских родов.

По социальному контексту: носитель фамилии Герзун в XIX веке с высокой вероятностью был из крестьян или мещан, возможно, из числа служилых татар или казаков. Прозвище «Герзун» могло закрепиться за конкретным человеком, а затем перейти к его потомкам как фамилия, минуя стандартные русские патронимические суффиксы. Из-за редкости фамилии её носители сегодня могут быть сосредоточены в тех же регионах, где она возникла, или разошлись по стране в XX веке.