Фамилия Гильдина в своей основе, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу, а не к географическому названию. Главная версия связывает её с немецким именем Hilde (Хильде, Гильде), которое происходит от древневерхненемецкого hild — «борьба, сражение». Такое имя в Европе давали с пожеланием, чтобы мальчик вырос отважным воином. Это объяснение самое прямое и логичное, особенно если учесть, что суффикс -ин в русской традиции часто присоединялся к основам на -а, превращая имя отца в фамилию сына: «чей?» — Гильдин.

Существует и вторая гипотеза, выводящая фамилию от прозвища Гильда. В этом случае в основе лежит старое немецкое слово gilda, означающее «плата, взнос». Это слово проникло и в славянские языки: в польском gielda означает «биржа», а в русском языке укоренилось понятие «гильдия» — объединение купцов, степень купечества. Если придерживаться этой версии, то прозвище Гильда могло указывать на род занятий предка — торговца, купца, биржевого маклера. Однако эта версия менее вероятна: прямое прозвище «Плата» в крестьянской среде встречается редко, а купеческий термин «гильдия» в бытовых прозвищах почти не использовался.

Русский суффикс -ин фамилия могла получить в конце XVIII века. После разделов Речи Посполитой к Российской империи отошли земли с многочисленным еврейским населением. Для евреев, не имевших наследственных фамилий, власти ввели обязательную паспортизацию, и многие немецкие или идишские имена и прозвища получили русские окончания. Фамилия Гильде или Гильда, попав в русскую среду, естественным образом превратилась в Гильдина — по модели «чей сын?» — Гильдин.

Среди известных носителей — Хаим Гильдин (1892–1938), один из первых еврейских пролетарских поэтов советского периода и организаторов еврейской пролетарской литературы в СССР.