Фамилия Глубокие — редкий пример русской фамилии в форме множественного числа. Такая модель (-их/-ых) типична для северных и сибирских регионов, где фамилии часто закрепляли за целой семьёй или родом: Глубокие — буквально «семья или потомки человека по прозвищу Глубокий». В центральной России та же основа превратилась бы в Глубоков или Глубокин, а здесь суффикс указывает на бытовое, а не официально-канцелярское происхождение.

В основе лежит прилагательное «глубокий». У прозвища два правдоподобных объяснения. Первое — географическое: так могли назвать жителя низины, оврага, глубокого лога или села, стоящего в низине. Второе — характеристика человека: «глубокий» в переносном смысле означал серьёзного, вдумчивого, проницательного человека, с богатым внутренним миром. Оба значения бытовали в народной речи, и какое из них легло в основу конкретной семьи, без архивных записей не установить.

Фамилия Глубокие — самобытный памятник славянской культуры, но её точное время и место появления можно определить только в ходе серьёзных генеалогических изысканий. Форма на -ых указывает скорее на северные говоры, а сама основа встречается в ойконимии (названия сёл Глубокое есть в нескольких областях), что делает фамилию одновременно и локальной, и рассредоточенной.