Фамилия Глубоков — один из примеров русских фамилий, образованных от прилагательного через суффикс -ов, что указывает на принадлежность («чей?»). Основа здесь — прозвище Глубокий. В русской ономастике это довольно прозрачный случай: прилагательное «глубокий» могло описывать и место, и человека.

Первая и самая прямая версия — топографическая. Глубоким могли прозвать жителя села или хутора, расположенного в низине, в овраге, у глубокого озера или реки. Такие прозвища были удобны для идентификации человека в условиях, когда фамилий ещё не существовало: «Иван Глубокий» — тот, кто живёт в глубоком месте. Модель «прозвище → фамилия на -ов» характерна для центральных и северных регионов России, где притяжательные фамилии вытеснили другие формы.

Вторая версия — характеристика личности. Глубоким на Руси называли человека серьёзного, вдумчивого, не поверхностного — «глубокого ума». Это значение прилагательного сохранилось и в современном языке. Прозвище могло закрепиться за крестьянином или ремесленником, которого односельчане уважали за рассудительность и основательность. В словаре русских прозвищ подобные случаи встречаются реже топографических, но исключать их нельзя.

Обратим внимание на суффикс. Фамилии на -ов типичны для великорусской территории и образуются от основ, оканчивающихся на твёрдый согласный (Глубок- + -ов). Если бы прозвище звучало как Глубокой (с ударением на последний слог), фамилия могла бы принять форму Глубоков или даже Глубокой, но исторически закрепился вариант Глубоков. Вариант Глубокин (от Глубокий по модели «чей?») тоже возможен, но не распространён.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждается данными телефонных справочников и метрических книг XIX века. В северных губерниях, где активнее использовался суффикс -их/-ых (Глубоких), Глубоков встречается реже.

Таким образом, фамилия Глубоков — это отпрозвищное именование, которое либо указывало на место жительства предка в низине или у глубокого водоёма, либо подчёркивало его серьёзный, вдумчивый нрав. Оба значения корня «глубокий» одинаково правдоподобны, и без конкретных сведений о роде нельзя выбрать одно из них с уверенностью.