Фамилия Глубоких — одна из тех, что сразу приковывает внимание своей формой. Окончание -их в русских фамилиях — штука особая. Если привычные нам -ов, -ев или -ин отвечают на вопрос «чей?» (чей сын? Петров), то фамилии на -их/-ых — это ответ на вопрос «чьи?» или «из чьей семьи?». Такая модель была распространена в северных и северо-восточных регионах России, а также в Сибири. Поэтому носитель фамилии Глубоких — это, скорее всего, выходец из тех мест, где говорили: «пойдём к Глубоким», имея в виду целый род или дом семьи Глубокого.

Основа фамилии — прозвище Глубокий. Самое прямое объяснение — географическое. Глубоким могли прозвать человека, жившего в низине, овраге или у глубокого омута. Такие прозвища по месту жительства давали сплошь и рядом: Верещагин (от «верещага» — крикун) или Заболоцкий (живущий за болотом) — здесь та же логика, только форма другая.

Но есть и второй, менее очевидный, но более интересный пласт. В старом русском языке слово «глубина» означало не только физическую меру, но и бездну, тьму, а также — непостижимость, неисчерпаемость, необъятность. В словаре Даля можно найти, что «глубокий» говорили не только о колодце, но и о мыслях, премудрости. В этом смысле Глубоким могли назвать человека проникновенного, мудрого, одарённого — того, кто «глубоко видит». Такая версия не менее правдоподобна: прозвища по внутренним качествам в крестьянской среде были так же распространены, как и по внешним приметам.

Итак, перед нами фамилия с яркой региональной окраской (суффикс -их) и двумя равновероятными корнями: либо «житель глубокого места», либо «человек глубокого ума». Потомок того самого Глубокого со временем и получил фамилию Глубоких — в форме родительного или предложного падежа множественного числа, которая закрепилась и перестала склоняться.