Фамилия Глубокин — одна из тех, где прозвище предка разошлось с буквальным смыслом. Основа здесь — прилагательное «глубокий», а суффикс -ин указывает на принадлежность: Глубокин буквально значит «сын Глубокого». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я или мягкий согласный, но в случае с прилагательным она встречается реже, чем фамилии на -ов (Глубоков).

Самая прямая версия — прозвище по месту жительства. Глубоким могли назвать человека, чей дом стоял в низине, овраге или у глубокого оврага. В русских говорах слово «глубокий» часто привязывали именно к рельефу: глубокая балка, глубокий лог. Такие прозвища давали без особой фантазии — по характерной примете двора или усадьбы.

Но есть и другая, более интересная возможность. В старорусском языке «глубина» означала не только физическую меру, но и «бездну», «тьму», «неисчислимость» — в том числе применительно к уму и мудрости. «Глубокий человек» — это не про рост или яму, а про проницательность, скрытые знания, способность видеть суть. В этом смысле прозвище Глубокий мог получить одарённый, вдумчивый человек — скажем, грамотей, толкователь законов или просто уважаемый старик, чьи советы ценили.

Географически фамилия Глубокин встречается нечасто и в основном фиксируется в центральных и северных областях России. Это косвенно говорит в пользу «рельефной» версии: в равнинной местности глубокие овраги и впадины — заметная деталь ландшафта, а для прозвища «умника» географической привязки не было бы.

Однокоренные фамилии — Глубоков, Глубокий, Глубинин — распределились по разным суффиксальным моделям, и Глубокин стоит особняком: он не такой массовый, как Глубоков, но и не единичный. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но по типу образования она относится к позднему слою русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища активно переходили в наследственные именования.