Фамилия Глухенко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской ономастике традиционно означал «сын» или «потомок». В основе фамилии лежит прозвище Глуха. Его напрямую связывают с прилагательным «глухой» — человек, лишённый слуха или слышащий плохо. Такое прозвище в крестьянской и казацкой среде давали без обиняков, по заметной внешней или физической черте, и оно закреплялось за родом.

Параллельно существует версия, уходящая в охотничий быт. Украинское слово «глухань» обозначает глухаря — крупную лесную птицу, во время токования теряющую слух. Прозвище Глуха могли дать не самому глухому человеку, а удачливому охотнику на тетеревов и глухарей. В этом случае фамилия Глухенко хранит память о родовом занятии, а не о физическом недостатке предка.

Суффикс -енко, в отличие от русских -ов и -ин, характерен для фамилий, сложившихся на территории современной Украины, особенно в её центральных и левобережных областях, а также среди запорожского казачества. Фамилия Глухенко буквально осмыслялась как «сын Глухи»: прозвище отца перешло к детям в форме притяжательного имени, а затем закрепилось наследственно. С течением времени первоначальный смысл прозвища стёрся, и фамилия стала восприниматься просто как родовое имя, без прямой отсылки к глухоте или охоте.