Фамилия Глухенько звучит по-южнорусски или по-украински: её выдаёт суффикс -енко. В украинской ономастике это типичный патронимический формант, который первоначально означал «маленький», «сын» или «потомок». То есть Глухенько — это буквально «сын Глухого» или «маленький Глухой». Так называли не того, кто страдал глухотой, а человека, получившего прозвище Глухой.

Прозвище Глухой в старину давали не только за физический недостаток. В русских говорах «глухой» имело и переносные смыслы: скрытный, нелюдимый, тот, кто живёт в глуши, в глухом месте. Кроме того, «глухим» могли назвать человека, который плохо слышал или прикидывался неслышащим, чтобы избежать неприятного разговора. Таким образом, основа фамилии относится к характеристике поведения или образа жизни, а не обязательно к болезни.

Суффикс -енко в фамилиях закрепился на территории современной Украины, в южных областях России (Кубань, Ростовская область) и в Беларуси. Глухенько — фамилия не частая, но вполне узнаваемая в этих регионах. Она относится к той же модели, что и тысячи других фамилий на -енко: Бондаренко, Коваленко, Шевченко. Только в её основе лежит не профессия, а прозвище.

В отличие от фамилий на -ов (Глухов), которые закрепились в центральной и северной России, форма Глухенько сохранила уменьшительный оттенок. В XVII–XVIII веках, когда шло массовое оформление фамилий у казачества и крестьянства, прозвище Глухой могло перейти к детям как Глухенко (с мягким знаком в произношении), а на письме закрепилось через «е»: Глухенько. Это не ошибка, а диалектная особенность произношения, отражённая в документах.

Сословно предки носителя фамилии скорее всего были казаками или крестьянами. Дворянские фамилии на -енко встречаются реже и обычно имеют более книжное оформление. Так что Глухенько — это «сын того, кого прозвали Глухим», и фамилия эта прочно связана с южнорусской и украинской традицией именования.