Фамилия Глухенькие — это классический пример украинской фамилии, образованной от прозвища с уменьшительно-ласкательным суффиксом. В основе лежит прозвище Глухенький, которое, в свою очередь, восходит к прилагательному «глухой». Здесь стоит обратить внимание на суффикс -еньк-, типичный именно для украинской ономастики: в русском языке чаще встречались бы формы Глухов или Глушков, а Глухенький прямо указывает на малороссийское происхождение.

Само прозвище могло иметь несколько значений. Самое прямое — физический недостаток, глухота. Однако в народной культуре такие прозвища часто выполняли охранительную функцию: родители нарекали ребёнка Глухеньким, чтобы обмануть злых духов и уберечь его от настоящей глухоты. Кроме того, слово «глухой» имело и переносные смыслы: «равнодушный», «незаинтересованный», а также «глухой» в значении «заросший, дикий» — так могли назвать человека, жившего в глухом, безлюдном месте.

В исторических источниках встречаются однокоренные именования. Ономаст С. Б. Веселовский упоминает князя Михаила Федоровича Глухого Пожарского, крестьянина Салмана Глуховского (1550 год, Торжок) и Андрея Глушко (начало XVII века). Эти примеры показывают, что основа «глух-» была распространена в прозвищах по всей Руси, но именно форма с уменьшительным суффиксом закрепилась на украинских землях.

Фамилия Глухенькие — это форма множественного числа, характерная для фамилий, обозначающих целый род или семью. В украинской традиции окончание -ые/-ие встречается реже, чем в русской (ср. русские Глухие), но именно вариант Глухенькие подчёркивает, что речь идёт о потомках одного человека по прозвищу Глухенький. Точное время и место возникновения фамилии установить сложно, но сам тип образования говорит о том, что она сформировалась не позднее XVII–XVIII веков, когда украинские фамилии массово закреплялись в реестрах казаков и мещан.