Фамилия Глухенька — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение, едва взглянешь на суффикс. В ней нет привычного для русских фамилий окончания -ов или -ин. Форма на -енька, -енко, -енок — это типичный украинский или белорусский патроним, указывающий на «малого», «сына» или «потомка». Глухенька буквально значит «сын Глухого» или «маленький Глухой». В основе лежит прозвище Глухой, которое в древности давали не только человеку с ослабленным слухом, но и тому, кто говорил глухо, невнятно, либо жил в глухом, отдалённом месте.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень глух- плюс суффикс -еньк-, который в украинской антропонимии выполняет ту же роль, что русский -ов: превращает прозвище отца в фамилию потомка. Подобные фамилии — Глушенко, Глушков, Глухенький — все восходят к одному и тому же прозвищу, но Глухенька выделяется именно суффиксом, типичным для центральных и восточных областей Украины, а также для юга Беларуси. Встречается и вариант Глухенький — обе формы взаимозаменяемы, разница лишь в грамматическом роде окончания, которое менялось в зависимости от того, как фамилию записывали в документах: мужскую или женскую ветвь.

В исторических источниках фамилия не слишком частотна, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в среде казачества или крестьянства, где прозвища передавались по наследству без сословных привилегий. Унбегаун в своём словаре русских фамилий не выделяет Глухенька отдельно, но относит подобные формы к характерным украинским патронимам, образованным от прилагательных. Никонов и Суперанская сходятся на том, что основа глух- в фамилиях — одна из древнейших, встречающаяся уже в актах XVI века, но именно с уменьшительным суффиксом -еньк- она указывает на более позднюю, уже фамильную фиксацию, не ранее XVII–XVIII веков.

Единственный нюанс, который стоит учитывать: в некоторых говорах «глухенький» могло означать не слабослышащего, а человека скрытного, неразговорчивого, «глухого» к чужим просьбам. Но это уже толкование на уровне прозвища, а не фамилии — в любом случае, носитель Глухенька получил своё родовое имя от предка, который чем-то выделялся: либо физическим недостатком, либо характером, либо местом жительства.