Фамилия Глуховкин — редкий пример, где прозвищная основа и модель образования не совпадают с привычной схемой. Вопреки ожиданию, корень здесь не «глухой» в значении «лишённый слуха», а старинное русское слово «глухой» в смысле «захолустный, отдалённый, заросший глушью». От него образовано прозвище Глуховка — так в говорах называли человека из глухой деревни или лесистой, малопроезжей местности. Суффикс -кин в этой фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Глуховкин, то есть сын или потомок Глуховки.

Словообразовательная цепочка необычна. Обычно фамилии на -ин образуются от имён или прозвищ на -а/-я (Глуха, Глушко), но здесь основа — Глуховк(а), где -овк- — это уже часть прозвища, а не суффикс фамилии. То есть исходное прозвище Глуховка — уменьшительно-уничижительное от Глухой, с тем же значением «житель глухомани». Такой тип фамилий (на -овкин, -евкин) встречается реже, чем простые -ов или -ин, и чаще в северных и центральных губерниях России, где сохранялись трёхчленные модели: имя → прозвище → фамилия.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования отмечены как характерные для крестьянской среды, где фамилии часто фиксировали не род занятий, а место жительства или внешнюю черту. Никакой связи с глухотой как физическим недостатком у Глуховкиных, скорее всего, не было — прозвище отражало бытовую характеристику: «живущий в глуши, в лесу, в отдалении от людей».

Сословная принадлежность предков-Глуховкиных — почти наверняка крестьяне или однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, в родословных книгах она не встречается. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и центрально-чернозёмным областям: в переписях XIX века Глуховкины отмечены в Тамбовской, Саратовской и Пензенской губерниях.