Фамилия Гнездникова — женская форма фамилии Гнездников, и ключ к её пониманию лежит в основе «гнезд-». Сама фамилия образована по продуктивной модели: от прозвища или профессии с помощью суффикса -ник, а затем — патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). То есть Гнездников — это «сын Гнездника» или «потомок человека по прозвищу Гнездник».

Что могло означать исходное слово «гнездник»? Самая вероятная версия — профессиональное прозвище. В русских говорах «гнездником» называли того, кто занимался поиском и сбором птичьих гнезд — яиц или птенцов для хозяйства, а также, возможно, лесника, который знал лесные угодья и места гнездовий. Такая работа была известна в северных и центральных губерниях, где охота и собирательство имели промысловое значение.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — прозвище по характеру или быту. «Гнездником» могли назвать домоседа, человека, который «свил своё гнездо» и редко покидал родные места. В этом случае фамилия несёт не профессиональный, а бытовой оттенок.

География фамилии Гнездниковых (и, соответственно, Гнездниковой) тяготеет к Поволжью и центральным областям России. Встречается она в Ульяновской, Самарской, Нижегородской областях, а также в Татарстане. Написание с суффиксом -ов, а не -ев, указывает на твёрдую основу прозвища (Гнездник), что характерно для великорусских фамилий.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гнездов, Гнездилов, Гнездышкин) показывает, что Гнездникова — одна из самых конкретных по значению: она прямо указывает на занятие или качество, а не на место жительства (как Гнездов — от названия деревни Гнездово). Поэтому, скорее всего, предок носительницы этой фамилии был человеком, чья жизнь была тесно связана с лесом и птицами.