Фамилия Гобунова — женская форма от Гобунов, и в её основе лежит прозвище или мирское имя Гобун. Само слово «гобун» в русских говорах — редкость, но оно имеет прозрачную этимологию. В диалектах «гобза» или «гобзать» означало «копить, наживать, богатеть», а «гобза» — это «достаток, обилие, богатство». Соответственно, Гобуном в северных и центральных губерниях могли прозвать зажиточного, хозяйственного мужика, у которого «гобзы» полон двор. Такое прозвище — не насмешка, а констатация факта: предок был удачлив в делах, имел крепкое хозяйство.

Модель образования типична для русских фамилий, но здесь есть нюанс. Суффикс -ов- в фамилии Гобунов указывает на принадлежность: «сын Гобуна» или «из рода Гобунов». Однако основа «гобун» могла быть и отглагольным образованием от «гобунить» — то есть «копить, приумножать». В этом случае прозвище носило не столько описательный характер, сколько деятельный: Гобуном называли человека по его привычке или роду занятий — скопидома, накопителя. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от личных имен на -а/-я, здесь мы видим более древнюю модель отыменного прозвища на твердый согласный.

Географически фамилия Гобуновы встречается не повсеместно, а тяготеет к регионам, где были распространены новгородские говоры: Вологодская, Архангельская, Костромская области. В этих местах слово «гобза» сохранялось дольше, а промысловый и торговый уклад жизни делал прозвища, связанные с богатством, особенно актуальными. Интересно, что в тех же краях бытуют однокоренные фамилии Гобов, Гобин, Гобозов — все они восходят к одному корню, но с разными суффиксами, что говорит о древности и разветвленности этого гнезда.

Встречается и более редкая версия: связь с диалектным «гобун» в значении «горбун» (через чередование г/к и б/п). Но она менее убедительна, так как «горб» и его производные дали фамилии Горбунов, Горбачев, а форма «гобун» для горбатого человека нигде не фиксируется как основная. Поэтому версия о достатке и накоплении выглядит предпочтительнее — она объясняет и редкость фамилии, и её северный след. Предки Гобуновой, скорее всего, были не бедными крестьянами или ремесленниками, умевшими сколотить состояние.