Фамилия Гобунов — один из тех случаев, когда написание обманчиво. На слух она кажется прозрачной: «гобун» — и сразу хочется связать с глаголом «губить» или «гобой». Но на деле фамилия эта — тёмная лошадка, и её разбор требует осторожности.

Скорее всего, основа «Гобун» — это вариант прозвища или имени Гобан, Гобон. В русских говорах слово «гобза» означало «обилие, богатство», а «гобзиться» — «богатеть, изобиловать». Отсюда могло появиться прозвище Гобун — «богач, зажиточный человек». Версия правдоподобна: в ономастике известна фамилия Гобов, идущая от того же корня. Суффикс -ун в прозвищах типичен для характеристики человека по действию или свойству (весельчак, говорун), так что Гобун — тот, кто «гобзится», то есть удачлив в хозяйстве.

Есть и другая, менее очевидная версия: диалектное «гобун» — «горбун». В некоторых говорах, особенно северных, начальное «г» могло заменять «к» или «х», но это скорее исключение, чем правило. Если принять эту гипотезу, фамилия Гобунов — фонетический вариант Горбунов, одной из самых частых русских фамилий. Однако прямых лингвистических подтверждений такой замены в устойчивой традиции нет, поэтому версия с «богачом» выглядит убедительнее.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Гобунов — сын Гобуна, то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия редкая, в списках распространённых русских фамилий не встречается. Географически её единичные носители фиксируются в центральных областях России и в Поволжье, что косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой, а не с иноязычным заимствованием.

Точных сведений о сословной принадлежности первых Гобуновых нет. Судя по модели образования, фамилия крестьянская или посадская — такие прозвища редко давали дворянам. Но «богач» Гобун мог быть и купцом, и зажиточным ремесленником. Определить это без архивных записей по конкретной ветви невозможно.