Фамилия Годовник — редкий пример, когда в основе лежит не имя и не профессия, а отвлечённое понятие, связанное со временем. Вопреки первому впечатлению, она не имеет отношения к слову «год» в значении «двенадцать месяцев». Скорее всего, прозвище Год(ов)ник давали человеку, который был как-то связан с годичным циклом: либо родился в какой-то примечательный год (например, високосный или неурожайный), либо отмечал важное событие раз в год. Более прозаичная версия — так могли называть того, кто нанимался на работу на год, «годового работника», в отличие от подёнщика или месячного батрака.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ник (как в «сапожник», «лесник») превращает прилагательное «годовой» в название лица. Исходное прозвище Годник или Годовой со временем закрепилось как фамилия с типичным для украинских и южнорусских земель окончанием -ник. В центральных и северных областях России чаще встречалась бы форма Годовников, но здесь суффикс остался без наращения -ов, что указывает на более прямое, «прозвищное» происхождение.

В ономастических справочниках фамилия Годовник не относится к числу распространённых. Она встречается в основном в западных регионах бывшей Российской империи — на Украине, в Беларуси, а также в южных областях России. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» аналогичные модели (типа Годовиков) упоминаются как образованные от слова «годовик» — работник, нанятый на год. Для фамилии Годовник это наиболее правдоподобное объяснение.

Если отбросить рабочую версию, остаётся предположение о связи с народным календарём. В некоторых говорах «годовником» могли называть того, кто придерживался старых обычаев, справлял обряды строго по годовому кругу. Такое прозвище мог получить деревенский знахарь или человек, который вёл счёт праздникам и постам. Но это лишь гипотеза — письменных подтверждений ей нет.

Известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для поздних крестьянских фамилий, не попавших в дворянские родословные книги. Годовники — люди, чьи предки, скорее всего, были вольными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по своему социальному или хозяйственному статусу.