Фамилия Годовников принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ов. Модель проста: основа «Годовник» плюс типичный патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей?» — «Годовников», то есть сын Годовника).

Корень фамилии — слово «год». Однако прозвище Годовник могло возникнуть из разных смыслов. Первая и самая прямая версия: так называли годовалого ребёнка. Прозвище могло закрепиться за младенцем, который выжил и окреп к первому дню рождения, или стать внутрисемейным именем для самого младшего. В деревнях такие «возрастные» прозвища были обычны: их давали не в обиду, а для отличия в быту.

Вторая версия уводит в украинский язык. Слово «годованець» означало приёмного ребёнка или воспитанника, которого «годують» (кормят) чужие люди. В этом случае Годовник — человек, находившийся на содержании, взятый в дом на прокорм. Версия правдоподобна, если предки фамилии жили в южнорусских или украинских землях, где слово «годованець» было в ходу.

Третья, более редкая гипотеза связывает прозвище со словом «годованник» — так в некоторых говорах называли человека, прожившего долгую жизнь, «годованного», то есть умудрённого годами. Однако эта версия слабее: слово «годованник» встречается реже, а прозвища от него почти не фиксируются в документах.

Фамилия Годовников встречается нечасто. Её география тяготеет к центральным и северным областям России, где суффикс -ов абсолютно преобладает. Интересно, что в однокоренном ряду стоят фамилии Годов, Годовиков, Годовалов — все они образованы от разных производных слова «год», но каждая указывает на свою конкретную жизненную ситуацию: возраст, срок, прокорм. Годовников в этом ряду — одна из самых прозрачных по словообразованию, хотя точное значение прозвища-основы остаётся предметом спора.