Фамилия Годовникова — женская форма фамилии Годовников, а та, в свою очередь, образовалась от прозвища или мирского имени Годовник. В основе лежит слово «год», но значений у прозвища могло быть несколько, и они довольно разные.

Самая прямая версия: Годовником в крестьянской среде могли назвать годовалого ребёнка. Такие «возрастные» прозвища давали не в насмешку, а для различия внутри большой семьи или деревни, где могло быть несколько тёзок. Прозвище закреплялось за человеком на всю жизнь, даже когда он давно вырос.

Вторая версия отсылает к украинскому слову «годованець» — воспитанник, приёмный ребёнок. Если предок был выходцем с южных территорий или из малороссийских губерний, то прозвище Годовник могло указывать на то, что он не родной сын, а взят на воспитание. В русских говорах похожий смысл имело слово «годованник» — тот, кого содержат, кормят.

Третья версия, тоже связанная с украинским и южнорусским влиянием: «годованник» означало скотовода, человека, который «годует» скотину, то есть пасёт и откармливает. В этом случае прозвище Годовник — профессиональное, по роду занятий. Такие именования были распространены в казацкой среде и среди сельских работников.

Словообразовательная модель фамилии простая: к основе Годовник- добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Годовника). Это типичная русская фамилия, возникшая не в дворянской, а в крестьянской или мещанской среде, где прозвища переходили в фамилии позже всего — в XVIII–XIX веках. Форма Годовникова, соответственно, означает «дочь (или жена) Годовникова».

Какая из трёх версий правдоподобнее? Первая (годовалый ребёнок) проще и встречается в ономастике как типовая модель для прозвищ по возрасту. Но вторая и третья не менее реальны, особенно если учесть, что фамилия могла возникнуть на юге России или в украинских землях, где слово «годованець» было в ходу. Без точной географии бытования фамилии (а она нередкая, встречается в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани) выбрать одну версию сложно — скорее всего, в разных родах Годовниковых прозвище появилось по разным причинам.