Фамилия Годовная звучит на слух как отглагольное прилагательное, но на деле её корень — не глагол «годовать», а слово «год». В основе лежит прозвище или мирское имя Год, Годой, Годный. В древнерусском языке «годный» означало не только «пригодный», но и «угодный, милый, желанный». Так могли назвать долгожданного ребёнка — «годного», то есть желанного, или же человека, который пришёлся ко двору, оказался полезным в деле.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -овн-, который характерен для русских фамилий из северных и центральных областей. Суффикс -овн- (как в фамилиях Смирновна, Поповна) изначально указывал на принадлежность к отцу: Годовная — дочь или жена Годового (Годова). В ряде говоров фамилии на -овна закреплялись за женщинами, но со временем стали передаваться по наследству и как родовые, независимо от пола носителя. Встречается также вариант ударения — Годовна́я, что может указывать на южнорусское или украинское произношение.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Годова́я — так в некоторых диалектах называли человека, родившегося в високосный год или прожившего целый год без болезней. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от временных отрезков редко давали в качестве постоянных, и они почти не оставили следов в фамилиях.

Географически фамилия Годовная встречается редко, преимущественно в записях XIX века по Тверской, Ярославской и Вологодской губерниям. Там же бытуют однокоренные фамилии Годов, Годовой, Годовиков — все они восходят к тому же корню «год» в значении «угодный, подходящий». Таким образом, предок носителя фамилии Годовная был, скорее всего, желанным и ценным человеком в своей общине — либо по рождению, либо по заслугам.