Фамилия Гоголкин — один из ярких примеров того, как русская фамилия может быть образована не от церковного имени, а от прозвища, связанного с внешностью, повадками или профессией. В её основе лежит слово «гоголь». В славянских говорах так называли утку-нырка (нырковую утку) — птицу, которая ходит с важным, выпрямленным видом. Отсюда пошло и переносное значение: «гоголем» называли человека с гордой, даже надменной походкой, того, кто «ходит гоголем». Прозвище Гоголь и дало жизнь фамилии.

Модель образования типична для русского северо-востока и центра: суффикс -кин (с чередованием г/ж: Гоголь → Гоголька → Гоголкин). Форма «Гоголька» — это уменьшительное или бытовое обозначение человека по прозвищу, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Гоголкин, то есть сын Гогольки. Это отчество второго порядка, что говорит о неформальном, деревенском бытовании фамилии в среде крестьян или посадских людей, а не дворянства.

Интересна и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «гоголем» могли называть не только человека, но и предмет: например, так именовали небольшую печную заслонку или деталь ткацкого станка. Если предок-ремесленник делал такие «гогольки», прозвище могло перейти на него по профессии. Однако связь с птицей и манерой поведения — более распространённое и правдоподобное объяснение.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых частых русских фамилий, что характерно для прозвищных образований с уменьшительным суффиксом. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России. Её «родственники» по основе — Гоголев, Гоголин, Гоголь — известны шире, но именно форма на -кин сохранила более тесную связь с конкретным человеком, которого в округе звали уменьшительно-ласкательно Гоголька.