Фамилия Голденкова — это женская форма мужской фамилии Голденков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Голденок. Суффикс -ок в русских прозвищах часто указывал на молодость, небольшой размер или принадлежность: Голденок — это «маленький Голда» или «сын Голды». Само имя Голда (или Голда) — древнерусское, некалендарное, от прилагательного «голдый» — голодный, тощий. В старину так могли назвать ребёнка, родившегося в неурожайный год, или дать «охранительное» имя, чтобы злые силы не позарились на слабого. В некоторых говорах «голда» означала также «бедняк», «голытьба».

Модель образования типична для северных и центральных областей России: основа на -ок (-к-) плюс патронимический суффикс -ов. Голденков буквально — «потомок Голденка». Важный нюанс: написание через «е» после «д» — не опечатка, а результат исторического чередования гласных или аканья. В документах XVII–XVIII веков фамилия могла записываться как Голдянков или Галденков, но закрепилась форма с «е».

Встречается фамилия преимущественно в бывших владимирских и костромских землях — регионах, где «голда» как прозвище было особенно распространено. Позднее, с отменой крепостного права, носители расселились шире, но ядро осталось в Верхнем Поволжье. Сословно предки Голденковых — скорее всего, крестьяне или посадские люди, а не дворяне: прозвище с корнем «голод» редко давали знатным.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с тюркским «алтын» (золото) через искажённое «Голтын», но это натяжка: звуковой переход «лт» в «лд» в русской среде нехарактерен, а документальных подтверждений такой этимологии нет. Куда правдоподобнее связь с древнерусским «голдъ» — голод, нищета.