Фамилия Голоншко звучит необычно, и это не случайно. Сразу заметен суффикс -ко, который в восточнославянских фамилиях чаще всего указывает на украинское или белорусское происхождение. Этот суффикс (уменьшительный или принадлежностный) активно использовался в этих землях для образования фамилий от прозвищ и имен. Таким образом, география фамилии — скорее всего, западные или юго-западные регионы бывшей Российской империи, а не центральная Россия.

Основа фамилии — «Голон-» — вызывает больше вопросов. Самая прямая версия связывает её с прилагательным «голый». В славянских языках слово «голый» имело много переносных значений: бедный, неимущий, лысый, лишённый растительности. Прозвище Голый или Голонь (с более мягким окончанием) давали человеку, который либо был беден, либо брил голову, либо выделялся отсутствием бороды в среде бородачей. Суффикс -шк- в данном случае — редкий, но возможный вариант форманта, который мог придать прозвищу оттенок ласкательности или просто закрепиться как фамильный суффикс в определённой местности. В белорусском языке встречаются фамилии с похожей моделью: Голышко, Голушко.

Есть и более спорная, но интересная гипотеза. В некоторых говорах «голонь» могло означать нечто иное, например, разновидность инструмента или деталь одежды. Однако документальных подтверждений этому нет, и версия с «голым» остаётся основной. В словаре Веселовского «Ономастикон» приводится фамилия Голый как очень распространённое прозвище, от которого пошли десятки производных. Голоншко — один из таких вариантов, сохранивший местный колорит.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками. Фамилии на -ко в малороссийских землях часто возникали в среде простого люда и не имели аристократического оттенка. Поскольку фамилия редкая, её носители, вероятно, происходят из одной или нескольких соседних деревень, где прозвище закрепилось за целым родом. Сегодня встретить Голоншко можно в Беларуси, на Украине и в южных областях России, куда фамилия попала с миграцией населения.