Фамилия Голованога — яркий образец прозвищной фамилии, где в основе лежит не имя, а характеристика человека, подмеченная окружающими. Состоит она из двух корней: «голова» и «нога». Сложносоставные фамилии такого типа (соединительная гласная «о») в русской традиции встречаются реже, чем суффиксальные, и часто указывают на ироничное или меткое прозвище. Прямое значение — «человек с головой и ногами», но в народной речи такое сочетание почти наверняка было шутливым или даже насмешливым.

Самая вероятная версия происхождения — прозвище Голованога, которое могли дать человеку с несоразмерными чертами: либо с очень большой головой на тонких ногах, либо, наоборот, с длинными ногами и маленькой головой. В русских говорах слово «голован» само по себе означало «большеголовый», «умный» или «упрямый», а добавление «нога» могло усиливать комический эффект. Такие прозвища не были оскорбительными в современном смысле — скорее, они служили узнаваемой приметой в сельской общине, где каждый человек был на виду.

Модель образования фамилии проста: к прозвищу Голованога добавился нулевой суффикс (фамилия осталась в форме чистого прозвища) или, в некоторых вариантах, окончание -а, которое закрепилось в именительном падеже как неизменяемое. Встречается и вариант Голованогов — с типичным русским суффиксом -ов, указывающим на принадлежность («чей?» — Голованогов сын). Обе формы фиксируются в исторических документах, в основном на территории южнорусских и украинских земель, где сложные прозвища были особенно распространены.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает эту логику. Голованов, Головатый, Головач — все они образованы от той же основы «голова», но с разными суффиксами. Голованога стоит особняком: здесь не просто указание на часть тела, а целая фраза-портрет. В ономастических работах Б. Унбегауна такие «говорящие» прозвища относятся к группе бытовых, нередко закреплявшихся за людьми с яркой внешностью или повадками. Никакого отношения к дворянству или служилому сословию эта фамилия, скорее всего, не имела — её носили крестьяне, ремесленники или казаки, где меткое слово ценилось выше родословной.