Фамилия Головенков ведет свое начало от прозвища Голова, которое восходит к аналогичному нарицательному. Так и прозвище Голова закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Головенков. Со временем, вероятно, род Головенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.