Фамилия Головеров — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не занятие, не имя, а буквальное прозвище, данное по внешности. Разбирать её удобно с суффиксальной модели: -ов указывает на принадлежность («чей?»), а основа «Головер» — это усечённая форма прозвища Головёр. В старых говорах «головёр» — человек с большой или необычной головой, либо тот, кто вертит головой, озирается. Слово сложилось из двух корней: «голов-» и «-вер-» (от «вертеть»). Фамилия редкая, нечастотная; в современных справочниках её почти не фиксируют, что говорит о локальном, возможно, однодворческом или крестьянском происхождении в центральных или южных губерниях.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с прозвищем Головер — так могли назвать пастуха, который «верховодил» стадом, то есть был головой над скотиной. Но это натяжка: слово «головер» в значении «вожак» не зафиксировано в диалектных словарях. Правдоподобнее всё же внешний признак: на Руси прозвища по частям тела (Голова, Нос, Ухо) давали часто, а Головер — их производная форма с глагольным элементом, подчёркивающим подвижность или заметность этой части тела.

Фамилия не дворянская, в родословных книгах не значится. Её носители — скорее всего, выходцы из крестьян или мещан, получившие фамилию при переписях XIX века. Интересно, что ударение, судя по аналогиям (Головёр, а не Голове́ров), падает на последний слог основы — это типично для прозвищных фамилий, где суффикс -ов присоединялся к уже готовому, часто усечённому слову.