Фамилия Головихин образована по редкой модели: не от личного имени или профессии мужчины, а от прозвища женщины — Головиха. Суффикс -их- указывает на принадлежность: Головихин буквально означает «сын (или потомок) Головихи». Это типично для северных и сибирских говоров, где фамилии на -их, -ых (Седых, Босых, Головихин) встречаются чаще, чем в центральной России.

Само прозвище Головиха могло возникнуть несколькими путями. Самое прямое объяснение — от слова «голова»: в старину так называли разного рода начальников — сельского старосту, главу поселения, военного или стрелецкого голову. Прозвище Головиха, скорее всего, получила жена такого «головы»: в русской традиции жену часто называли по прозвищу мужа (Поп — Попадья, Голова — Головиха). Так фамилия могла закрепиться за детьми, потерявшими отца, или в ситуации, когда мать играла более заметную роль в хозяйстве.

Есть и другая, менее очевидная версия. В церковном обиходе существовало слово «головщица» — так называли управляющую одним клиросом в монастырских церквах, подчинённую регенту и уставщику. В народном произношении «головщица» легко могла превратиться в «Головиха». Если основательница рода действительно была головщицей, фамилия указывает на её деятельность, а не на семейное положение.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Головиха → фамилия Головихин. Важно, что суффикс -ин, а не -ов, — это тоже характерная северная черта. В южных и центральных регионах от того же прозвища скорее образовали бы фамилию Головихов. Таким образом, Головихины — это потомки женщины, которую в своём кругу называли Головиха, будь то жена начальника или монастырская руководительница клироса.