Фамилия Головихины ведет родословную от прозвища Головиха, а в ее основе лежит слово «голова». Это прямое указание на то, что предок мог быть человеком заметным, занимавшим руководящую должность: сельским старостой, главой общины или другим начальником. В старину таких людей часто называли Головами, а их жен — Головихами, по той же модели, по которой жену кузнеца называли кузнечихой. Со временем это бытовое прозвище закрепилось как фамильное имя для потомков.

Интересно, что у этой фамилии есть и другая, менее известная версия происхождения. Прозвище Головиха могло возникнуть от слова «головщица» — так в монастырских церквях называли женщину, управляющую одним из клиросов (певчих хоров). Она подчинялась регенту и уставщику, то есть была своего рода руководительницей хора. Если основательницей рода была такая головщица, то фамилия указывает не на родство с начальником, а на конкретное занятие женщины в церковной среде.

Обе версии сходятся в одном: прозвище Головиха было образовано по продуктивной модели с суффиксом -их(а), который в русских говорах часто обозначал жену по профессии или прозвищу мужа (ср. Мельничиха, Повариха). Фамилии на -ин, как Головихин, буквально означают «чей?» — то есть сын или потомок Головихи.

Среди однокоренных фамилий — Головин, Голованов, Головачёв. Но Головихин стоит особняком: суффикс -их- встречается реже, чем -ов или -ин, и чаще закреплялся в северных и сибирских говорах. Поэтому географически фамилия может быть привязана к этим регионам, хотя сейчас встречается по всей России.