Фамилия Голубенков — яркий представитель «птичьих» фамилий, восходящих к названию голубя. Однако её словообразовательная модель сложнее, чем кажется на первый взгляд. Основа «Голубенк-» указывает на украинское или белорусское происхождение: суффикс -енк(о) в этих землях означал «маленький», «сын» или «ученик» (Голубенко — буквально «маленький Голубь» или «сын Голубя»). А вот конечный -ов — это уже чисто русское добавление, которое появилось при адаптации фамилии в великорусской среде. Так, переезжая из Малороссии в центральные или северные губернии России, носители фамилии Голубенко «обрусевали», и к их основе прирастал типичный для русских фамилий суффикс принадлежности.

В основе лежит не столько сама птица, сколько древнее мирское имя Голубь. В дохристианской и раннехристианской Руси было принято давать детям имена по названиям животных и птиц — это считалось оберегом. Голубь в народном сознании — символ кротости, чистоты и Святого Духа, поэтому имя не несло ничего зазорного. Позже, когда на Руси закрепилась трёхчленная модель именования (имя — отчество — фамилия), от прозвища Голубь или уменьшительного Голубенко образовалась сначала фамилия Голубенко, а затем, после миграции носителей в Россию, и Голубенков.

Есть и более прозаичная версия: прозвище Голубь могли дать не за сходство с птицей, а за ремесло — голубятнику или торговцу птицей. Но в случае с суффиксом -енк(о) изначально акцент всё же на родстве: «чей-то сын». Таким образом, первый Голубенков, скорее всего, был сыном человека по прозвищу Голубь, а его потомки, перебравшись в Россию, «нарастили» фамилию до привычного уху окончания -ов.

Фамилия не из самых частых, но встречается в разных регионах, особенно на юге России и в Поволжье, куда активно переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В отличие от фамилий Голубев (от той же основы, но образованной сразу по русской модели) или Голубенко (оставшейся в украинском варианте), форма Голубенков закрепилась именно как гибридный, «русифицированный» вариант, что указывает на конкретный социальный процесс — ассимиляцию малороссийского рода в великорусской среде.