Фамилия Голубковы образована от мирского имени Голубок. В древнерусской традиции такие имена, данные в честь птицы, были распространены: за именем стояла не внешность, а пожелание ребенку тех качеств, которыми народная и христианская культура наделяли голубя. Это кротость, миролюбие, нежность, супружеская верность и долгая жизнь. В христианской символике голубь также олицетворяет Святой Дух, мудрость и благочестие, поэтому имя считалось благодатным и защищающим.

Разбираем словообразовательную модель. Основа — «Голубок», суффикс «-ов» (в форме множественного числа — «Голубковы») указывает на принадлежность: «из семьи Голубка». Это типичная модель русских фамилий, указывающая на родство по отцу. В отличие от фамилий на «-ин» (Голубин), которые тоже встречаются, форма «Голубковы» говорит о том, что в основе лежало именно уменьшительно-ласкательное имя Голубок, а не прямое Голуба.

Письменные источники подтверждают древность этого именования. Известен крестьянин Григорий Голубок (1630 год), а также холопка Голуба Игошина (1564 год) и землевладельцы Голубины (1540 год). Упоминаются и фамилии Голубевы, особенно в новгородских землях. Все эти варианты — звенья одной цепи, идущей от популярного в народе имени. Потомок человека по имени Голубок со временем получил фамилию Голубковы — и она закрепилась как родовая.

Географически фамилия не привязана к одной области: она встречается и в центральных губерниях, и на севере, и в Сибири, что говорит о широкой распространенности самого имени. При этом в официальных документах форму «Голубковы» часто записывали за крестьянами и мещанами, а в дворянских родах предпочитали вариант «Голубевы» или «Голубинские» — это косвенная примета социального слоя.