Фамилия Гоненкова — женская форма фамилии Гоненков, и её разбор стоит начать с суффикса. Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования от имени или прозвища отца: Гоненков — буквально «сын Гоненка». Мужская форма Гоненков встречается реже, чем более привычная Гоненко, что сразу наводит на мысль о региональных особенностях.

Основа фамилии — Гоненок или Гоненко. Это уменьшительно-ласкательная форма от некалендарного имени или прозвища Гон, Гоня. В русских говорах «гон» могло означать «быстрый бег», «погоня», а также «участок поля» или «расстояние между двумя остановками при пахоте». Человек по прозвищу Гон мог быть скорым на ногу, нетерпеливым или, наоборот, работником, который быстро управлялся с делом. Суффикс -енок/-онок типичен для северных и центральных областей России (например, Архангельская, Вологодская, Костромская губернии), где так образовывали прозвища молодых людей или детей: Гоненок — «маленький Гон» или «сын Гони».

В отличие от фамилии Гоненко, которая распространена на Украине и юге России (суффикс -енко там стандартный), форма Гоненков — русская, с патронимическим суффиксом. Это говорит о том, что предки носителей фамилии жили в великорусских землях, вероятно, в северной или средней полосе. Встречается она и в старообрядческой среде, где сохранялись архаичные прозвищные формы.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с глаголом «гнать» или «гонять» в значении «преследовать». Тогда Гоненок могло быть прозвищем пастуха, охотника или гонца. Но тогда форма скорее была бы Гнатенок или Гонитель, так что этот вариант уступает первому по словообразовательной логике.

Таким образом, фамилия Гоненкова происходит от прозвища Гоненок, которое дали либо сыну человека по имени/прозвищу Гоня, либо молодому расторопному парню. Географически она тяготеет к русскому Северу и центральным областям, а её редкость объясняется тем, что модель на -енков в целом менее продуктивна, чем на -ов или -ин.