Фамилия Гонина образована от прозвища Гона. В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля зафиксирован глагол «гонать» — «полагать, почитать; гадать; отгадывать или ворожить». С этой версией Гоной могли называть человека проницательного, догадливого, либо знахаря. Но у прозвища Гона есть и другое значение, более прозрачное: оно могло восходить к глаголу «гонять». В таком случае Гоной называли гонца, нарочного, посланного за кем-либо в погоню или отправленного на переменных конях с бумагами, письмами, вестями. В старину такое прозвище нередко давали курьеру, фельдъегерю.

Обе версии равноправны. Разница в том, что первая отсылает к сфере магии и гаданий, вторая — к военной или почтовой службе. Какая из них верна для конкретной семьи, без генеалогического исследования сказать нельзя.

Сама фамилия Гонина — типичная «матронимическая» форма, образованная от женского варианта Гонина. Но в русской традиции фамилии на -ин чаще всего возникали от мужских прозвищ на -а: Гона → Гонин. Женское окончание -а в фамилии Гонина указывает на то, что перед нами форма женского рода (жена или дочь Гонина). В мужском варианте фамилия звучит как Гонин.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где были сильны традиции прозвищной номинации. Суффикс -ин указывает на древнюю модель образования, характерную для простонародной среды до XVII века.