Фамилия Гонюков — один из тех случаев, когда за привычным на слух окончанием скрывается довольно редкая основа. В отличие от массовых фамилий на «-ов», образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Гонюков происходит от прозвища или мирского имени, которое напрямую связано с действием.

Корень здесь — «гон-» от глагола «гнать». Самая прямая версия: Гонюк — тот, кто гонит, погоняет. В крестьянском быту так могли назвать погонщика лошадей или волов, возчика, ямщика. В говорах слово «гонюк» фиксировалось и в значении «торопыга», «нетерпеливый человек» — тот, кто постоянно спешит, «гонит» дело. Прозвище могло закрепиться за человеком с живым, беспокойным характером.

Менее очевидный, но возможный вариант — связь с глаголом «гонять» в значении «преследовать», «выгонять». В таком случае прозвище мог получить бортник (тот, кто «гонял» пчёл для сбора мёда) или охотник, выгоняющий зверя из леса. Однако первая версия — с погонщиком или торопыгой — выглядит правдоподобнее, поскольку более типична для бытовых прозвищ.

Суффикс «-юк» в основе (Гонюк + -ов) — характерная черта украинской и южнорусской антропонимии. В украинском языке суффикс «-юк» часто образует фамилии от прозвищ и имён (например, Коваль — Ковалюк). То есть фамилия Гонюков — это обрусевшая форма исходной украинской или белорусской фамилии Гонюк: к основе добавили русский патронимический суффикс «-ов». Встречается такая модель в пограничных регионах — на Брянщине, в Курской и Белгородской областях, на юге России.

В написании фамилии встречается вариант «Ганюков» (через «а»), что отражает акающее произношение, свойственное южным говорам. Но исторически правильным считается написание через «о» — от глагола «гнать».

Таким образом, предок современных Гонюковых, скорее всего, был человеком с юга России или Украины, которого в округе знали как погонщика или просто очень торопливого, деятельного мужика. Фамилия редкая, в списках массовых не значится, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска по конкретному региону.