Фамилия Гонюкова — женская форма фамилии Гонюков, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы понять корень. В основе лежит глагол «гонять» или родственное ему «гнать». Скорее всего, прозвище Гонюк дали человеку по роду занятий или по поведению. В русских говорах «гонюком» могли называть того, кто гоняет скот, погонщика, возчика, либо, в переносном смысле, — непоседу, человека, который постоянно куда-то спешит, «гоняет» без дела. Слово «гонюк» фиксируется в диалектах, но не как общеупотребительное, что делает фамилию редкой и локальной.

Суффикс -юк характерен для южнорусских, украинских и белорусских фамилий. Он часто указывал на принадлежность к роду или на характерный признак: если человек был «гонялой», его в быту называли Гонюк, а потомки получали фамилию Гонюков. Модель образования проста: прозвище Гонюк + патронимический суффикс -ов (чей? — Гонюков). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Гонюко́ва, хотя в разговорной речи встречаются варианты.

Географически фамилия тяготеет к югу России и к регионам, граничащим с Украиной. Встречается в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это подтверждает диалектную природу основы: именно в этих местах «гонюк» могло быть живым словом. В северных областях фамилия почти не фиксируется.

Интересно, что у фамилии есть однокоренные «родственники»: Гоняев, Гончаров (от другого корня, но близкого по смыслу), Гонюшин. Однако Гонюков стоит особняком из-за редкого суффикса, который сразу выдает южное происхождение. Если предки были крестьянами, то, скорее всего, занимались извозом или скотоводством — работой, связанной с постоянным движением. Никаких дворянских корней у этой фамилии нет: она типично крестьянская, простонародная, что и делает её живым свидетельством быта и языка тех мест, где она возникла.