Фамилия Гоппуев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного для русского уха корня, а суффикс -ев указывает на отчество: фамилия образована от прозвища или имени, которое заканчивалось на мягкий согласный или звук [п’]. В данном случае основа — Гоппуй.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими языками, распространёнными на Северном Кавказе и в Поволжье. В кумыкском, ногайском или карачаево-балкарском языках слово «гоппу» (или близкое «гоппю») могло означать «горбатый», «сутулый» или «сгорбленный». Суффикс -й в тюркских именах и прозвищах часто придаёт ласкательный или уменьшительный оттенок: Гоппуй — «горбунок» или «сутуленький». Тогда Гоппуев — буквально «сын Гоппуя», то есть потомок человека с характерной осанкой или физической особенностью.

Менее вероятна, но возможна связь с калмыцким или монгольским «гоп» — «спина», «хребет». В этом случае Гоппуй могло быть прозвищем силача или, наоборот, человека с широкой спиной. Однако в русской ономастике фамилии с таким корнем почти не встречаются, что подтверждает её локальный, возможно, кавказский или астраханский ареал.

Написание фамилии с двумя «п» — не опечатка, а устойчивая форма. В документах XIX — начала XX века, когда фиксировали фамилии инородцев, двойные согласные нередко передавали долготу звука или ударение на первый слог: Го́ппуев. В современном русском языке ударение чаще ставят на второй слог: Гоппу́ев.

Сословно фамилия не привязана к дворянству. Скорее всего, первые носители были крестьянами или казаками из районов смешанного тюрко-славянского населения — например, терские или гребенские казаки, а также жители Дагестана и Чечни, где фамилии на -ев широко распространены. Точных данных о знаменитых Гоппуевых нет, но по косвенным признакам фамилия сохранилась в малых количествах и сегодня встречается в Ставропольском крае и Калмыкии.