Фамилия Горбатенков — один из примеров, когда украинская модель образования фамилии прочно вошла в русскую ономастику. Её основа — прозвище Горбатый, а суффикс -енко (в русифицированном варианте -енков) указывает на происхождение: «потомок Горбатого». Такие фамилии на -енко массово пришли в великорусские земли из украинских и белорусских регионов, а затем, при адаптации, к основе добавили типичный русский суффикс -ов, получив двойную родовую метку.

Прозвище Горбатый могло возникнуть по двум разным причинам. Самое очевидное — внешность: горбатый, то есть сутулый, с изогнутой спиной. Однако в сибирских говорах у слова «горбатый» было иное, социальное значение — так называли беглого бродягу. Эта версия не менее правдоподобна, поскольку прозвища, отражающие статус или род занятий, в крестьянской среде были не реже, чем прозвища по физическим приметам.

Сама модель — от прозвища Горбатый через украинский патронимический суффикс -енко — говорит о том, что предок носителя фамилии жил на территории современной Украины или в южнорусских землях с сильным украинским влиянием. После переселения в великорусские губернии фамилию «дооформили» по местному образцу: Горбатенко превратилось в Горбатенков. Такая двойная суффиксация встречается нечасто и сразу отличает фамилию от более простых однокоренных аналогов вроде Горбатов или Горбачёв.

Говорить о сословной принадлежности Горбатенковых сложно: прозвища, лёгшие в основу, бытовали и среди крестьян, и среди казаков, и среди мещан. Значимых исторических личностей с этой фамилией, о которых сохранились общеизвестные сведения, нет — это рядовая, но по-своему интересная фамилия, сохранившая в своей структуре следы сразу двух языковых традиций.