Фамилия Горбоконенко — типичный пример украинской фамилии на -енко, которая в буквальном смысле означала «сын Горбоконя» или «потомок Горбоконя». В основе лежит прозвище Горбоконь, которое в народе давали по двум совершенно разным причинам, и обе уходят корнями в крестьянский быт.

Первая версия связывает прозвище с образом горбатого коня — старой, изнурённой работой лошади. В таком случае прозвище мог получить человек, который вёл своё хозяйство, но держал лишь плохонькую, горбатую лошадку. Однако гораздо чаще прозвище относилось к самому крестьянину: «горбатый конь» — это метафора человека, который работает до изнеможения, буквально «как лошадь». В старину горб был устойчивым символом непосильного труда, что закрепилось в поговорках: «Живи всяк своим добром, да своим горбом», «От работы не будешь богат, а будешь горбат», «Мужик не живет богат, а живет горбат, от трудов». Исходя из этого, Горбоконем скорее всего называли трудягу, крестьянина, который кормился исключительно собственным горбом.

Суффикс -енко характерен для Поднепровья и Левобережной Украины, где такие фамилии в XVI–XVII веках массово вытеснили патронимы на -ович. Со временем прозвище Горбоконь закрепилось как наследственное имя и полностью заменило собой исходное крестильное. Так Горбоконенко из «сына Горбоконя» превратилось в фамилию, которая передавалась из поколения в поколение.

Среди известных носителей — Александр Дмитриевич Горбоконенко (род. 1950), ректор Ульяновского государственного университета, профессор и действительный член нескольких академий. Это редкий случай, когда фамилия с явным крестьянским корнем вышла на уровень большой науки, но сам принцип «работать горбом» её носитель, судя по биографии, усвоил крепко.