Фамилия Горбонис — редкий случай, когда русская по звучанию основа сочетается с нерусским суффиксальным оформлением. Если бы фамилия оканчивалась на -ов или -ин, вопросов бы не было: Горб, Горбун, Горбатый — типичные прозвища для человека с заметной физической особенностью, сутулого или горбатого. Но финаль -ис выдаёт иную, скорее всего, литовскую или латышскую модель образования. В балтийских языках суффикс -ис (или -иc) — один из самых распространённых патронимических показателей, он соответствует русскому «сын» или «потомок». Поэтому Горбонис может значить «сын Горбона» или, что вероятнее, представлять собой полонизированную или литвинизированную форму прозвища Горбун.

Словообразовательная цепочка здесь прозрачна: основа «горб-» + балтийский суффикс -онис (вариант -онис/-унис). В литовском языке есть фамилии Горбонис, Горбунис, Горбанис — все они образованы от того же корня, что и русские Горбунов, Горбачёв. Разница лишь в том, что в русской традиции прозвище оформили притяжательным суффиксом, а в балтийской — патронимическим. Носитель фамилии Горбонис, скорее всего, происходил из исторической Литвы или из западных губерний Российской империи (Виленской, Ковенской, Гродненской), где столетиями жили рядом литовцы, поляки, белорусы и русские, и фамилии нередко «переходили» из языка в язык вместе с носителями.

Вторая, менее вероятная версия — греческое происхождение. В греческом языке существует фамилия Γορμπόνης (Горбонис), но она встречается крайне редко и, как правило, связана с островной или понтийской традицией. Однако для русскоязычного носителя более правдоподобна балтийская версия: фамилия Горбонис встречается в современных Литве и Латвии, а также среди потомков литовских переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.

Что касается значения прозвища-основы, оно очевидно: горб, горбина — физический недостаток или особенность осанки. В крестьянской среде прозвище Горб или Горбун не считалось оскорбительным, скорее описательным, и закреплялось за человеком, которого легко было узнать по походке или фигуре. Позже, при переходе в фамилию, это прозвище утратило прямую связь с внешностью и стало просто родовым именем.

Таким образом, фамилия Горбонис — это гибрид: славянское по смыслу прозвище, «пришитое» балтийским суффиксом. Её носители — потомки людей, живших на стыке двух культур, где русская речь соседствовала с литовской, а фамилии записывали по местным грамматическим правилам.