Фамилия Городненкова — женская форма от Городненков, и её разумнее анализировать в мужском варианте, чтобы понять корни. В основе фамилии лежит топоним Городня или Городное. Названий с таким корнем на карте России и соседних земель десятки: от реки Городни в Новгородской области до сёл Городное в Брянской и Курской областях. Слово «городня» в древнерусском языке означало не только «город», но и огороженное место, часть крепостной стены, а иногда и погост с церковью. Так что предок носителя фамилии мог быть выходцем из одного из таких мест — его прозвали Городненковым, то есть «сыном человека из Городни».

Суффикс -енков типичен для южнорусских и украинских фамилий, особенно для территории бывшей Слобожанщины (современные Харьковская, Сумская, Белгородская области). Там -енко — это «малый» или «сын», а -ов добавился уже при русификации документах. В отличие от более частой модели -ов/-ев, суффикс -енков встречается реже и указывает на более позднее оформление фамилии в крестьянской среде XIX века, когда патронимы на -енко начали записывать с окончанием -ов для унификации.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от прозвища Городня — так могли назвать человека, который жил у городской стены, при въезде в город, или даже сторожил ограду. Но в таком случае фамилия скорее приняла бы форму Городнин или Городнев, а не Городненков. Поэтому топонимическое происхождение — основное.

Интересно, что в некоторых говорах «городня» означала также «огород» или «плетень», но это локальные значения, которые вряд ли стали основой для фамилии, так как огородников чаще называли по занятию — Огородниковы. Так что, скорее всего, Городненковы — потомки переселенцев из села или деревни с названием Городня, которые в XVIII–XIX веках перебрались в другие губернии и получили фамилию по месту прежнего жительства.