Фамилия Готин образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Готин, то есть сын или потомок Готи. В основе лежит прозвище Готя, и здесь лингвисты видят два разных корня.

Первая версия связывает прозвище с диалектным словом «готь», которое в некоторых говорах означало «брось, перестань, отойди». Если это так, то прозвище Готя могли дать человеку навязчивому, от которого хотели избавиться, или, наоборот, тому, кто сам часто произносил это слово. Вторая версия ведёт к украинскому слову «готя» — «самка глухаря». В этом случае прозвище имело характер сходства: человек мог чем-то напоминать эту птицу — например, глуховатостью, манерой держаться или особенностями голоса.

Какая из версий правдоподобнее? Слово «готь» в значении окрика — редкое, локальное, но именно такие корни часто становятся источником необычных прозвищ. Украинское «готя» как название птицы тоже встречается нечасто, но для прозвищного происхождения обе гипотезы равновероятны. Фамилия Готин — не массовая, её носители встречаются в основном в центральных и южных регионах России, что косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой.

Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а или -я, поэтому форма Готин (а не Готов) говорит о том, что прозвище звучало именно как Готя. В русской ономастической традиции такие фамилии считаются более древними, чем фамилии на -ов, и часто возникали в среде крестьян и посадских людей.