Фамилия Говножуйкин — редкий случай, когда исходное прозвище звучит настолько вызывающе, что за ним трудно разглядеть реальную историю. Тем не менее, перед нами не случайный набор слов, а фамилия, образованная по стандартной русской модели: от прозвища Говножуйка с помощью патронимического суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Говножуйкин — сын Говножуйки.

Прозвище Говножуйка, скорее всего, было не оскорблением, а бытовой характеристикой человека, связанной с грязной работой или нечистоплотностью. В русских говорах слово «жую́» могло означать «медленно, вяло делать что-то», а «говно» — не только фекалии, но и мусор, отходы, грязь на производстве. Человек, который «жуёт говно», то есть копается в отбросах, чистит выгребные ямы, работает с навозом или перерабатывает кожевенные отходы, мог получить такое прозвище без злого умысла — по профессии. В русских деревнях прозвища, связанные с телесным низом и нечистотами, были обычны и не воспринимались как ругательства: они фиксировали занятие или внешнюю особенность.

Альтернативная версия — прозвище могло быть эвфемизмом для сквернослова или человека с грубой речью («жуёт говно» в смысле «говорит гадости»). Но она менее правдоподобна: для обозначения сквернослова в русском языке есть прозвища Матюга, Матерщинник, а Говножуйка — слишком конкретное и физиологичное.

По географии фамилия крайне редка. В реестрах Российской империи и советских записях она почти не встречается. Возможно, она бытовала в отдельных сёлах центральной России или Поволжья, где сохранялась традиция давать «срамные» прозвища в качестве охранительных — чтобы отогнать злых духов. По этой логике, чем хуже прозвище, тем здоровее и удачливее будет ребёнок. Так что предки носителя фамилии могли быть вовсе не злыми людьми, а крестьянами, которые следовали древнему суеверию.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что в ней сохранилась живая глагольная основа с суффиксом -уй-, характерным для просторечных прозвищ (ср. Вертуй, Крикуй). Это отличает её от более «литературных» фамилий на -ов/-ев. В современном языке фамилия звучит как курьёз, но для историка ономастики она — ценный пример того, как грубая бытовая реальность прошлого превращалась в официальное родовое имя.