Фамилия Гранаткина, как и многие русские фамилии, хранит в себе историю рода, указывая на занятия или особенности предка. В её основе лежит прозвище Гранатка, которое, по самой вероятной версии, связано со словом «граната». Владимир Даль в своём словаре определяет гранату как «артиллерийский разрывной снаряд». Отсюда напрашивается вывод, что прозвище могло быть «профессиональным»: предок Гранаткиных мог служить воином, возможно, гренадером — солдатом, обученным метать гранаты. Эта версия правдоподобна, так как фамилии, образованные от военных терминов, нередки.

Впрочем, существует и другая, менее очевидная гипотеза. В рязанских говорах «гранаткой» называли куриное яйцо. Если принять эту версию, то прозвище мог получить человек, занимавшийся разведением домашней птицы. Однако военная версия выглядит более убедительной: слово «граната» было широко распространено в русском языке, а диалектное значение — локально.

Фамилия образована по стандартной славянской модели: к основе прозвища Гранатк- добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Гранатки). Такие фамилии типичны для восточных славян. Среди известных однофамильцев — Валентин Александрович Гранаткин, советский футболист, хоккеист и спортивный функционер, что подтверждает историческое бытование фамилии.