Фамилия Граничникова — женская форма фамилии Граничников, и её основа неочевидна на первый взгляд. В русском языке суффикс -ник- обычно указывает на профессию или род занятий (огородник, плотник, сапожник), а -ов/-ев добавляет значение принадлежности («сын такого-то»). Значит, в основе лежит слово «граничник» — человек, связанный с гранями, границей или конкретным ремеслом.

Самая прямая версия — профессиональная. «Граничник» могло быть прозвищем мастера по обработке камня, который обтёсывал грани (камнерез, шлифовщик). В этом случае фамилия отсылает к строительному или ювелирному делу, где важен был навык придания чёткой формы. Вторая версия — топографическая: «граничник» — человек, живший на границе владений, у межи, или сторож пограничных земель. В говорах слово «грань» означало не только линию раздела, но и зарубку на дереве, метку, поэтому прозвище мог получить межевщик или землемер.

Менее вероятна, но возможна связь с фамилией Граничников от имени Грань — краткой формы от канонического имени Евграф (греч. «хорошо пишущий») или от прозвища, данного за острый язык или угловатый характер. Однако в ономастике (в частности, в работах Б. Унбегауна) суффикс -ник- редко образует фамилии от личных имён напрямую, поэтому ремесленная или географическая версия предпочтительнее.

Фамилия редкая, её географическое бытование не описано в массовых справочниках, но по косвенным данным (единичные упоминания в метрических книгах XIX века) она встречалась в центральных губерниях России — в Рязанской и Тамбовской, где было развито каменное дело и чётко обозначались земельные границы. Форма на -ов указывает на великорусское происхождение, а не на украинское или белорусское (там был бы вариант Граничник).

Таким образом, предок носителей фамилии Граничниковых, скорее всего, был либо камнетёсом, либо человеком, жившим или работавшим на рубеже земель — и прозвище закрепилось за ним по самому заметному признаку.