Фамилия Гранников, скорее всего, образована от имени или прозвища Гран. Самая распространённая версия связывает основу с латинским «granum» — «зерно». В старину имя Гран действительно встречалось, и от него по стандартной модели появилась фамилия: Гран + суффикс принадлежности -ник (обозначал человека, связанного с чем-либо) + окончание -ов. То есть Гранников буквально означает «потомок Грана» или «человек Грана».

Есть и другая гипотеза, географическая. На Украине, под Уманью, находится село Гранов. Выходец оттуда мог получить прозвище Гранников, которое затем закрепилось как фамилия. Эта версия менее вероятна, потому что суффикс -ник типичен скорее для прозвищ по занятию или свойству, чем для указания на место жительства. Для переселенцев обычно использовали суффиксы -ец, -ич или -ский (Грановский, Гранецкий). Поэтому версия с именем Гран выглядит убедительнее.

Сама фамилия редкая. Её словообразовательная модель (основа + -ник + -ов) напоминает фамилии, образованные от названий профессий или характерных черт: например, Плотников, Сапожников. В случае с Гранниковым «зерно» могло указывать на занятие предка — возможно, он был крестьянином-земледельцем или торговал зерном. Но прямых доказательств этому нет, так что основным остаётся объяснение через личное имя.