Фамилия Гранцерт — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в типичные модели русских фамилий (на -ов, -ин, -ский), и её происхождение почти наверняка связано с немецким или, шире, германским языковым миром. Основа фамилии — немецкое слово «Granzert» или его диалектный вариант, которое восходит к средневерхненемецкому «granz» — «граница, край, рубеж». В этом случае фамилия могла быть топонимической: её давали человеку, жившему у границы поселения, на окраине, либо переселенцу с пограничных земель. Суффикс «-ерт» (нем. -ert) в немецких фамилиях часто указывает на профессиональную или характеризующую принадлежность, но здесь он, скорее, оформил прозвище как фамилию.

Другая, менее вероятная версия связывает «Гранцерт» с искажённым «Granzer» — жителем города Гран (венгерский Эстергом, нем. Gran). Если предок носителя фамилии перебрался в Россию из немецких колоний Поволжья или Причерноморья, то «Гранцерт» могло быть русифицированной формой немецкой фамилии, где окончание «-ерт» закрепилось при записи в документах. В любом случае, это не славянская фамилия: её носители — потомки немецких колонистов, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках, или обрусевших выходцев из немецких земель.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет русских суффиксов, что делает её легко узнаваемой среди «инородных» фамилий. Встречается она крайне редко, в основном в центральных регионах России и на юге Урала, где исторически селились немецкие колонисты. Социальный контекст: предки Гранцертов могли быть ремесленниками, крестьянами или мелкими чиновниками на государственной службе — типичные занятия для немецких переселенцев. Поскольку фамилия не прошла через «обрусение» путём прибавления -ов/-ев, она сохранила исходный немецкий облик, что указывает на сравнительно позднее закрепление в русской среде — скорее всего, в XIX веке.